由于水利工程检测机构工作人员的文化素养不够，其管理概念相对落后，不能充分认知到工程检测管理对于提高水利工程质量的重要性，依旧将管理标准定位在工程的施工时间以及对成本的控制层面上，从而忽略了提高施工效率及工程质量的重要性，使得基础理论和工作经验不匹配，不能实现多元化的水利工程建设。而且，由于水利工程工作性质的特殊性，主要承担挡水、储水及泄水的工作任务，施工过程非常错综复杂，如果水利工程检测管理不到位，出现其中一个环节的错漏，就会直接威胁到施工单位的经济利益及人民群众的生命和财产安全。

水利工程检测管理制度是否完善决定水利工程项目的质量能否得以保障，水利工程检测管理制度不健全，则会导致考核制度不科学、不合理，无法对员工进行有效的考核及对成本的把控，更无法判断对工程质量的检测是否落实到位，同时，对施工的安全及进度没有完全的掌控性，随意性太强。检测人员的专业素养对工程检测工作是否顺利起着关键性作用，由于工作人员对水利工程检测的认知度不够，缺乏专业检测技术，更因为投入相关资金有限，致使检测设备不齐全，加之检测的环境比较复杂，大大降低了工程检测能力。

当前水利工程检测市场竞争激烈并无系统有效的监管，主管的相关部门也只是按一定比例抽查，致使很多检测单位为了经济效益仍存在侥幸心理，导致检测工作不规范严谨、检测结果不能真实反映施工质量的真实情况。目前大多数水利工程检测市场已经开始自立门户，不再受政府部门的监管，但是由于其内部管理机制不健全，检测水平停滞不前，检测不规范，甚至以低价扰乱市场风气，近年来，水利工程质量频频发生的安全问题值得引人思索。因为水利工程检测监管不到位，使得水利工程设施整体的稳固性及其安全性受到了严重的影响，将给水利工程的质量带来无穷的隐患。因此，随着水利工程建设不断地发展，要想水利工程检测市场保持持久性的发展，机制改革是水利工程检测市场面对的重要挑战。

由于缺少检测专业技术，检查范围存在分布不均的现象。比如，检测的大部分范围主要针对岩土工程、混凝土等，对机械电气检测专业比较少。同时，缺乏金结、机械电气、量测方面的专业检测人员，造成检测机构内部检测人力紧张，涉及这几个专业的项目不能顺利地开展检测工作。除此之外，检测人员缺少专业培训，致使检测专业水平无法提升，随着水利工程大力发展，检测标准越来越高，导致对这些项目的质量没有准确的判定，水利工程检测的结果缺乏精准性，不能准确地找出导致工程质量不合格的问题所在，为日后的工程检测工作造成了巨大的阻碍。